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Archive for the ‘生物统计’ Category

有时候学一样新东西要花很多时间,比较学Machine Learning的方法。有时候学一样新东西只要花一点时间,比如学会R Markdown基本的只要半小时。关键在于你的心态,是否愿意去学新的东西,还有尽快找到一些时间去学。自从2016年我学了R Markdown后我在工作中用了很多,而且还推动别的同事去学去用。只要涉及到统计分析,甚至写笔记,我都用R Markdown。今年我准备学一学用R Markdown制作报告用的幻灯片(Presentation Slides)。

通过一番了解,选定了xaringan这个R软件包(更多…)

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对用R编程做统计分析的人来说,Rstudio是个好东西。我去年学了R Shiny将统计程序做成网页,这样别人就可以很方便用你的程序。简单地说,就是用户可以在线输入,或者上载数据,R在后台做统计计算,然后将结果(数据或图)在线显示。我将我和同事一起做的两个R程序做成Shiny网页,其中一个还得了公司内部竞赛奖呢。

最近我学了R Markdown写统计分析报告,其方便之处在于可以将R的代码嵌入文档中,运行后统计计算结果(数字、表格或图)会自动填入文档(可以生成Word、HTML或PDF等格式的文件)。 (更多…)

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本周星期四,9月12日美国FDA(Food and Drug Administration,食品和药物管理局)召集了癌症专家委员会(ODAC, Oncologic Drugs Advisory Committee),评价Perjeta用于治疗Her2阳性的早期乳腺癌的效益/风险。此专家委员会以13:0的投票(1票弃权)建议FDA加快批准Perjeta用于Her2阳性的早期乳腺癌治疗。

Perjeta(联合Herception和化疗药物)在2012年6月被FDA批准用来治疗Her2阳性的晚期乳腺癌。要想早期病人也能使用Perjeta,必须有新的临床试验证明此药对早期乳腺癌病人有效(效益大于风险)。 (更多…)

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三月和Biostat几位同事一起组织的Bayes讲座PTS(Probability of Technical Success)取得很好效果。有些同事反馈想要更多时间做练习(practice),同时有些同事因为在家上班没参加成那次讲座。于是我们几个组织的人决定六月再举办一次PTS的讲座,Biostat的头决定英国site所有的statistician至少要参加一次PTS的座,也就是说没参加三月讲座的人一定要参加六月的。这次六月的讲座由我领导(lead)。

首先是开一次会(meeting)讨论讲座的agenda(内容安排), (更多…)

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星期天至星期三去Cotswold参加PSI(Statisticians in the Pharmaceutical Industry)会议。会议在湖边的宾馆,我的房间有大落地窗,窗外就是湖,风景很好。不过第一天晚上我睡得不好,早上醒来很早,有人说可能是被湖里的鸭子吵醒的。第二天我就听听报告,今年Safety相关的内容作为头场戏,接着是同时进行的一些主题,大家可以选自己喜欢的去听。晚餐后有Barn Dancing,是苏格兰集体舞,有乐队,有人教大家怎么跳。每曲舞由一些基本动作组成。其中一曲还要不断换舞伴,于是大家就相互打过照面了。我是第一次跳,很好玩。十点半后我回房间准备星期二的报告,结果十二点多才睡觉,早上又是五点多就醒了。 (更多…)

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我们Biostat几位同事组织了关于Bayesian的系列讲座,我是组织成员之一。去年第一次讲座粗浅介绍了Bayesian方法。今年接着讲应用,这次要讲临床试验中由II期试验的数据来预测III期试验的成功概率,涉及怎样用SAS软件中的proc MCMC计算Bayes模型(Bayesian Model)相关的模拟(simulation)。经过粗步讨论,决定不讲Markov Chain Monte Carlo(MCMC)的理论,甚至不讲MCMC是怎样做模拟。我负责讲“Key Features of proc MCMC”,大概十五分钟的内容。

我想如果只讲编程语法和输出结果,一点都不理解方法,大家肯定会乱用。我认为一定要强调检查马尔可夫链(Markov Chain)是否收敛(convergence),不然结果错了也不知道。打算做点动画,把MCMC模拟过程显示出来,让大家知道收敛前和收敛后区别是怎样的。后来在给同事讲解时发现基本的方法还是要讲一讲的,便又加了Metropolis algorithm的讲解,先讲个大概,再加点数学公式,做到大家都有个粗浅概念,而想了解深一点的人可以多知道一些。 (更多…)

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我准备就”R Clinic”中普遍被问的问题做个FAQ。其中一个同事email里问了”Validation of output from R”的问题。估计这个”R validation”的问题一直会有人提,就列为第一个问题吧。

R Clinic: Use R in FDA/Regulatory submission?

It is often asked whether R is “validated” for use in clinical trials. (更多…)

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